L'Institution telle qu'elle existe aujourd'hui a été fondée en 1852 place St-Amé et transférée en 1854 dans la rue Saint Jean qui lui a donné son nom.
Touchée et occupée comme hôpital militaire par les allemands en 1914-1918, elle a été presque complètement détruite en 1940 et 1944. Pendant cette période elle a fonctionné provisoirement dans les diverses maisons de la rue Saint Jean achetées pour cette raison et dans des baraquements provisoires jusqu'en 1953.
Sa reconstruction, terminée en 1958, a permis son expansion à partir de 1960, date de la signature des contrats qui la l'associent à l'Education Nationale.
Sont venues ensuite l'absorption des cours complémentaires de l'Ecole Deforest de Lewarde en 1968 qui ont nécessité la construction des nouveaux bâtiments de l'Ecole, et enfin, l'absorption des classes de Lycée de l'Institution Sainte Clotilde en 1975, date à laquelle a commencé son évolution en établissement mixte.
et en 2007 ...
L'Institution Saint Jean compte aujourd'hui 2 000 élèves répartis en Ecole, Collège, Lycée. De la Maternelle aux classes post-bac HEC, voie Economique et voie Scientifique
Après une croissance rapide pour laquelle un premier agrandissement a été nécessaire en 1890 puis un second en 1930, ses effectifs se sont stabilisés aux environs de 500 élèves jusqu'en 1958.
